GEN II 2006

1. เพิ่มความความแข็งของสปริงหลังเป็น700 ปอนด์ต่อนิ้ว
2. แก้ไขปัญหาคันเร่งกระชากเกิดจากลิ้นปีกผีเสื้อช่วง 5000 - 6000 รอบต่อนาที. เวลาปล่อยคันเร่งแล้วกลับมาเร่งใหม่เครื่องจะกระชากเวลาเร่งขึ้น

สาเหตุมาจากลิ้นปีกผีเสื้อสำรองเปิดเร็วไปหรือการจุดระเบิดครั้งที่สอง

GEN II 2007

1. ลดความแข็งของสปริงและโช๊คลง
2. ปรับแต่งระบบหัวฉีด และจากรุ่นปี 2007 เป็นต้นไป. ยามาฮ่าได้แก้ปัญหาการกระชากของคันเร่งโดยการทำให้การเกิดการจุดระเบิดครั้งที่สองช้าลง

=== GEN II 2008

=FZ1

==ไม่มีการเปลี่ยนแปลงจาก 2007

GEN II 2009

ไม่มีการเปลี่ยนแปลงจาก 2008

GEN II 2010

ปรับปรุง ECU mapping เพื่อปรับปรุงการตอบสนองของลิ้นปีกผีเสื้อในรอบต่ำและกลาง

GEN II 2011

ปรับปรุง ECU mapping เพื่อปรับปรุงการตอบสนองของลิ้นปีกผีเสื้อในช่วงความเร็วต่ำตลาดอเมริกา : เปลี่ยนเป็นสีเงิน

GEN II 2012

ตลาดอเมริกา : เปลี่ยนเป็นสีทูโทนด้านหน้า (แฟริ่ง) สีขาวและด้านหลังสีดำ

GEN II 2013

ตลาดอเมริกา : เปลี่ยนเป็นสีทูโทนสีน้ำเงิน[ (Cobalt blue) แฟริ่ง]/ดำ[Matted black (ท้ายรถ)]
ตลาดยุโรป : สีเหมือนรถสเป๊กอเมริการุ่นปี 2012เป็นสีทูโทนสีขาว[ (competition white) แฟริ่ง]/ดำ[Matted black (ท้ายรถ)]
ตลาดไทย : สีทูโทนสีน้ำเงิน[ (Cobalt blue) แฟริ่ง]/ดำ[Matted black (ท้ายรถ)] (คาดหมาย)
ตลาดญี่ปุ่น : มีให้เลือกสองสี Bluish white cocktail (สีขาว) และ Black metallic X (สีดำ) มีตัวหนังสือ Fazer ที่แฟริ่ง